Témoins de l’histoire du centre comme de l’égyptologie de la fin du 19e et du 20e siècles, les archives du Centre Wladimir Golenischeff sont composées de plusieurs fonds d’égyptologues et antiquisants, couvrant la période de 1855 à 2012.
À ce jour, les principaux fonds sont les suivants :
- Fonds Wladimir Golenischeff (1856-1947)
- Fonds Pierre Lacau (1873-1963), contenant également des papiers d’Auguste Mariette (1821-1881) et des notes de Georges Daressy (1864-1938)
- Archives Tanis : fonds Pierre Montet (1885-1966) et Jean Yoyotte
- Fonds Jean Yoyotte (1927-2009)
- Fonds Michelle Thirion (1923-2015)
- Fonds Alphonse Dain (1896-1964)
- Autres fonds divers